故事发生在饱受战争摧残的非洲大陆，面对两大势力集团，玩家被派遣去收拾“TheJackal”，一个能够重燃两大集团战火，危害成千上万人生命的神秘人。为了完成你的任务，你要使到集团间互相争斗，从而发现和确定出他们各自的弱点，通过运用恐吓，暗中破坏，诡计，当然还有野蛮的力量使他们长官和军队中立。

《孤岛惊魂2》令玩家体验一个完全新的游戏经历，由底至上重新为本作订制了一个视频游戏引擎。玩家将置身在背景为非洲的一个开放的游戏世界里，凭着精确的次世代科技生存着。