第一章：Eden Prime

剧情开始于Alliance（地球联盟）的巡防舰Normandy号上。
由于Alliance举荐主角Shepard成为Spectre（不受法律管辖，可以自由在星际间旅行，直接向议会负责的特工），Council（银河议会）便派其中一位Spectre──Nihlus，来观察主角是否有成为Spectre的资格。

在与Anderson舰长和Nihlus对话时，突然收到一则紧急求救的讯息，地球的殖民星Eden Prime遭受攻击。敌方的目的，很可能是想夺取Eden Prime考古挖掘站所挖出的Beacon（信标），这是已消失的远古外星民族Prothean的科技产品。

Shepard带著部下Kaidan、Jenkins，与前来监督的Nihlus一起前往Eden Prime。
登陆之后，Nihlus说他不跟Shepard他们一起行动，自走自的路去了。
Shepard等人则赶往挖掘站，途中遭遇根本不应该出现在这儿的机械生命体geth攻击，Jenkins不幸牺牲，但没时间为他默哀了。
继续前往挖掘站的路上，遇到了被geth攻击的当地驻兵Ashley，拯救她后，Ashley加入队伍。

一行人最后来到挖掘站，那儿尸横遍野，但恐怖的事发生了！原本被刺桩杀死的尸体居然动了起来，并开始攻击Shepard等人。
消灭这群从恶灵古堡跑来客串的演员后，前行来到Spaceport，遇到因为开小差而逃过一劫的工人，他告诉我Nihlus被一个叫Saren的人暗算杀死了！而且这家伙看来就是攻击本地的主谋！工人建议我可以搭乘火车追赶他，速度比较快。
向前来到火车上，消灭挡路的geth，启动火车。

抵达终点站时，发现一群geth正在安装定时炸弹，想毁灭证据。
在时限内解决剩下的geth并拆除炸弹，来到车站另一侧，Beacon尚未被带走。
一行人驱前察看，Ashley（使用女角时则为Kaidan）忍不住靠得更近些，此时Beacon发出奇怪的引力将Ashley吸去。Shepard连忙将她拉开，自己却被Beacon的引力吸起，奇怪的幻象灌入Shepard脑内。

受这股力量影响，Shepard随即昏迷过去，醒来时发现自己已回到Normandy号。
与Anderson舰长交谈，告知看到幻象之事，他建议Shepard向议会报告。